Bis zum Jahre 1803 gab es bei uns nur drei genehmigte, also richtige ganz-jährige Schulen: In Berchtesgaden, in Ramsau und in Schellenberg. Die Kinder aus Schönau und Königssee mussten daher alle nach Berchtesgaden gehen.

Um das Jahr 1709 wurde daher im Schmiedenlehen (unterhalb des Kriegerdenkmals) eine kleine private Schule gegründet, eine sogenannte Winkelschule: Sie wurde aber verboten, und Lehrer wie Eltern mussten eine Strafe bezahlen.
Etwa zwei Jahre später, also 1711, wurde diese Schule dann doch genehmigt, allerdings nur für die Winterzeit.

Etwa 100 Jahre später, um das Jahr 1804, zog die Schule in die Weiherermühle (gegenüber dem Schornbad) um. Im Winter besuchten etwa 44 Kinder die Schule, im Sommer nur 20 bis 30 Kinder.
Das Klassenzimmer war aber in sehr schlechtem Zustand: Die Wände waren so feucht und verschimmelt, dass Lehrer und Schüler krank wurden. 

1821 bauten die Gemeinden Schönau und Königssee deshalb ein eigenes Schulhaus in Unterstein (jetzige Sparkasse gegenüber der Kirche). Dieses Haus wurde im Lauf der Jahre immer wieder vergrößert.

Im Jahre 1910 bezogen dann die Königsseer Kinder in Königssee-Schwöb ein eigenes Schulhaus (jetzige Realschule) zusammen mit der Gemeindeverwaltung Königssee. 

Nach dem letzten Krieg baute die Gemeinde Schönau für die Kinder aus Schönau 1948 hinter der Untersteiner Schule ein weiteres Schulhaus (jetzige Gemeindeverwaltung). Auch hier wurde der Platz für die Kinder immer wieder zu knapp (die Schüler wurden teilweise sogar im Pfarrhaus unterrichtet und in einer Holzbaracke beim jetzigen Kindergarten), so dass bis 1960 ständig Räume angebaut werden mussten.
Am 1. August 1970 wurde die Schule in eine Teilhauptschule umgewandelt: Die Klassen 1 bis 6 blieben in der Schönau, die Klassen 7, 8 und 9 mussten die Hauptschule in Berchtesgaden besuchen.

Schließlich errichtete 1983/1984 die neugebildete Gemeinde Schönau am Königssee im Schneewinkl unsere jetzige Schneewinklschule, dazu 1984 die Sporthalle und 1997 den Erweiterungsbau für die Hauptschulklassen.